So với Chế độ kế toán DN ban hành theo Quyết định số 1141, Chế độ kế toán DN mới ban hành phức tạp hơn nhiều.

Nguyên nhân chính tạo ra sự phức tạp hơn của Chế độ kế toán DN mới ban hành là sự tuân thủ các Chuẩn mực kế toán. Hệ thống 86 tài khoản kế toán và các báo cáo tài chính trong Chế độ kế toán DN mới ban hành đã bám sát nội dung của 26 Chuẩn mực kế toán đã ban hành và 5 thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính. Do đó, nghiên cứu, nắm vững được các Chuẩn mực kế toán và những thông tư hướng dẫn nêu trên là điều kiện đặc biệt quan trọng để thực hiện được Chế độ kế toán DN mới. Chẳng hạn, trong Chế độ kế toán DN mới ban hành xuất hiện những tài khoản mới như: Hàng hóa bất động sản; Hao mòn bất động sản đầu tư; Bất động sản đầu tư; Đầu tư vào Cty con; Đầu tư vào Cty liên kết; Tài sản thuế thu nhập bị hoãn lại; Thanh toán theo tiến độ kế hoạch hợp đồng xây dựng; Chi phí thuế thu nhập DN... Sẽ khó có thể thực hiện được công tác kế toán đối với những tài khoản nêu trên nếu chưa nắm vững được những Chuẩn mực kế toán liên quan. Hệ thống Báo cáo tài chính theo Chế độ kế toán DN mới ban hành cũng bổ sung thêm Báo cáo tài chính giữa niên độ dạng đầy đủ và dạng rút gọn; Báo cáo tài chính tổng hợp và Báo cáo tài chính hợp nhất. Để hoàn thành được những báo cáo tài chính này không thể không nghiên cứu, nắm chắc những Chuẩn mực kế toán tương ứng. Chuẩn mực kế toán là nội dung mới trong lĩnh vực kế toán ở nước ta. Vì vậy, đáp ứng được điều kiện quan trọng nêu trên là một thách thức lớn không chỉ với các chủ DN mà với cả đội ngũ cán bộ kế toán hiện nay.

Điều 1 của Quyết định số 15/2006/QĐ-BTC quy định: "Chế độ kế toán DN" áp dụng cho tất cả các DN thuộc mọi lĩnh vực, mọi thành phần kinh tế trong cả nước". Vì vậy, các DN nhỏ và vừa sẽ gặp khó khăn lớn hơn cả khi triển khai thực hiện. Song, để các DN nhỏ và vừa có đủ thời gian chuẩn bị cho một "cuộc chuyển mình" trong công tác quản lý tài chính, kế toán DN, Chế độ kế toán DN nhỏ và vừa hiện hành vẫn tiếp tục còn hiệu lực. Hơn nữa, về đối tượng áp dụng hệ thống báo cáo tài chính trong Chế độ kế toán DN mới ban hành cũng quy định: "Riêng các DN nhỏ và vừa vẫn tuân thủ các qui định chung tại phần này và những qui định, hướng dẫn cụ thể, phù hợp với DNNVV tại chế độ kế toán DNNVV". Ngay với những DN lớn, việc "Lập báo cáo tài chính hợp nhất giữa niên độ" cũng được lùi thời hạn thực hiện đến năm 2008.