Cải tiến công tác thu thuế trực tiếp qua KBNN theo mô hình một cửa là một trong hai nội dung lớn của đề án, còn được gọi là cải cách bước 3. Và để tiến tới bước cải cách lớn này là cả một quãng đường đầy gian truân, vất vả. Từ năm 1998, KBNN TP. Hồ Chí Minh đã phối hợp cùng cơ quan Thuế thực hiện thành công việc ứng dụng tin học vào quy trình thu thuế trực tiếp qua KBNN, lúc ấy được gọi là cải cách bước 1, thí điểm đầu tiên tại KBNN quận 10, với đặc điểm: mặc dù đã nối mạng vi tính, nhưng cán bộ thuế vẫn phải in sẵn giấy nộp tiền tại Chi cục Thuế đầu tháng rồi mang xuống điểm thu. Việc này mất nhiều thời gian cho công tác tổ chức thu, đặc biệt vào những ngày cuối tháng khi các điểm thu phải tiếp nhận một lượng rất lớn đối tượng nộp thuế tới. Bước cải cách thu thuế thứ 2 diễn ra sau đó hai năm , kéo dài trong thời gian  hơn 2 năm (2000 - 10/2002), được thực hiện tại 14 KBNN quận nội thành, theo đó cán bộ thuế tổ chức in giấy nộp tiền ngay tại điểm thu mỗi khi đối tượng nộp thuế xuất trình thông báo thuế. Việc này đã rút ngắn nhiều thời gian chờ đợi của đối tượng nộp thuế, giảm ùn tắc tại điểm thu, nhưng lại chưa hợp lý ở chỗ vẫn phải duy trì cán bộ thuế tại điểm thu  (ngày thường 2 người, ngày cuối tháng 4 - 5 người). Còn từ tháng 10/2002 đến nay, quy trình thu thuế trực tiếp theo cơ chế một cửa (còn gọi là cải cách thu bước 3) của KBNN TP. HCM đã được triển khai tại các quận Bình Thạnh, 3, 10, Phú Nhuận, Tân Bình, 6, 7, Thủ Đức; trong đó quận Bình Thạnh là xuất phát điểm, nơi mà quy trình cải cách thu trực tiếp lần đầu tiên được áp dụng  đóng vai trò quan trọng trong toàn bộ việc thực hiện thí điểm đề án “Cải tiến và nâng cao chất lượng hoạt động” của KB TP, và chỉ sau một thời gian ngắn, quy trình thu thuế mới đã thực sự phát huy hiệu quả, làm cơ sở quyết định cho sự thành công của đề án "Kho bạc mẫu" để tiếp tục được nhân rộng, thực hiện thành công tại một số quận còn lại đủ điều kiện thực hiện. Với quy trình cải cách thu bước 3, không cần có sự  tham gia của cán bộ thuế tại điểm thu nữa; mà cán bộ kho quỹ của KBNN tự  đảm trách mọi việc của quy trình, từ tiếp nhận thông báo thuế, nhập số liệu vào máy tính, in giấy nộp tiền và thu tiền của đối tượng nộp thuế. Quy trình ềmột cửaể này đã phát huy hiệu quả rõ rệt, vừa tiết kiệm được lao động cho ngành Thuế, vừa rút ngắn được thời gian cán bộ KBNN xử lý các khâu của quy trình thu đối với mỗi khách hàng từ 15 - 20 phút trước đây làm thủ công, xuống còn 2 - 3 phút làm bằng máy như hiện nay. Các đối tượng nộp thuế không phải giao dịch qua nhiều bộ phận thuế - KBNN như trước mà chỉ qua KBNN; đặc biệt với các đối tượng là doanh nghiệp Nhà nước, tư nhân, hợp tác xã... nộp thuế bằng tiền mặt không còn phải đi vòng qua nhiều khâu công việc trước khi tới nộp tiền cho cán bộ thu ngân KBNN. Ngoài ra, công tác kế toán thu ngân sách được tổ chức hạch toán chính xác, đầy đủ và kịp thời, hạn chế tình trạng sai sót về mục lục ngân sách do khách hàng lập chứng từ không chính xác;... và hình ảnh rõ nét nhất để so sánh giữa cải cách thuế bước 3 với 2 bước trước đó là: các bàn thu thuế đã giải phóng nhanh khách hàng đến nộp thuế, không để khách hàng phải chờ đợi lâu kể cả những ngày cuối tháng

Nội dung thứ hai góp phần quan trọng cho sự thành công của đề án đã nêu là việc nâng cao chất lượng phục vụ của KBNN, thể hiện qua việc tổ chức công khai quy trình, thủ tục giao dịch và cung cấp các thông tin cần thiết cho khách hàng. Nói tới mô hình “Kho bạc mẫu” ban đầu chính là  sự thể hiện như thế nào ở thái độ phục vụ của cán bộ nhân viên KBNN. Xác định tầm quan trọng của v n đề, trước và sau khi thực hiện thí điểm mô hình, cũng như khi nhân rộng ra các đơn vị khác, lãnh đạo KBNN TP đã hết sức chú trọng công tác bồi dưỡng nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ và phẩm chất đạo đức của cán bộ KBNN trực tiếp giao dịch với khách hàng; đồng thời với việc tổ chức bố trí sắp xếp cán bộ tại từng khâu cho hợp lý, cải tiến lề lối làm việc, xây dựng quy chế làm việc, quy định rõ trách nhiệm từng cá nhân, bộ phận để nâng cao tính trách nhiệm và chất lượng phục vụ. Bên cạnh đó, bằng việc cung cấp thông tin qua màn hình cảm ứng, khách hàng cũng có thể tự tra cứu thông tin (chẳng hạn về số dư trên tài khoản của mình) với độ tin cậy chính xác và bảo mật cao, giảm thiểu khối lượng công việc hướng dẫn của nhân viên giao dịch, giải quyết được vấn đề khách bị dồn ứ tại quầy giao dịch kế toán những ngày cuối tháng.

Tám năm tính từ khi những cán bộ lãnh đạo KBNN Thanh phố đầy tâm huyết với công tác thu, với tiến trình hiện đại hoá hoạt động KBNN như Giám đốc Nguyễn Thị Nhơn, Kế toán trưởng Nguyễn Hoàng Hải,... ngày đêm nghiên cứu, viết đề án, vận động các cơ quan  liên quan phối hợp, đặc biệt là ngành Thuế và UBND các quận huyện, triển khai thí điểm cải cách thu thuế bước 1 tại quận 10, đến nay, sự  thành công của cải cách công tác thu bước 3 và xây dựng mô hình KBNN mẫu đã được dư luận và nhân dân ủng hộ, hoan nghênh. Điều đó đã khẳng định KBNN TP. HCM đã giành được rất nhiều thành công trong việc tiên phong trên mặt trận cải cách, hiện đại hoá hoạt động của ngành KBNN, một “cuộc cách mạng” đích thực, để đến nay, không chỉ riêng TP. HCM, mà một số KBNN lớn khác cũng đã và đang ứng dụng thành công tiến bộ tin học vào cải cách quy trình thu thuế trực tiếp qua Kho bạc như Đà Nẵng, Hải Phòng, Bà Rịa - Vũng Tàu, góp phần khẳng định vị trí và hướng đi đúng đắn trong tiến trình hiện đại hoá hoạt động quản lý quỹ ngân sách Nhà nước mà ngành Kho bạc Nhà nước đã thực hiện có hiệu quả trong nhiều năm qua.