Thời gian qua, các chính sách ưu đãi về thuế đã có tác dụng rất lớn trong việc thực hiện chính sách điều tiết vĩ mô nền kinh tế, khuyến khích thu hút đầu tư, tạo điều kiện cho các cơ sở kinh doanh tích tụ vốn tái sản xuất, ổn định và phát triển sản xuất kinh doanh. Các quy định về ưu đãi thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đã được quy định thống nhất trong các văn bản  pháp luật thuế, không thể hiện dàn trải ở nhiều văn bản pháp luật như trước đây nên thuận lợi trong việc triển khai thực hiện. Tuy nhiên đến nay vẫn còn có các quy định chưa rõ, chưa cụ thể làm cho các doanh nghiệp lúng túng trong việc tự xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp được ưu đãi miễn giảm. Một vấn đề còn có cách hiểu và áp dụng khác nhau, đó là việc áp dụng thuế suất thuế TNDN đối với các DN hoạt động trong Khu công nghiệp (KCN).

Theo điểm 5 - Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế TNDN thì cơ sở sản xuất mới thành lập từ dự án đầu tư thực hiện trong KCN được áp dụng thuế suất thuế TNDN là 15%. Tại điểm 8, Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 của Bộ Tài chính... Các DN có vốn đầu tư nước ngoài và bên nước ngoài tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh đã được cấp giấy phép đầu tư; các cơ sở kinh doanh trong nước đã được cấp giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư tiếp tục được hưởng các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp ghi trong giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư. Trường hợp mức ưu đãi về thuế TNDN ghi trong giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thấp hơn mức ưu đãi về thuế TNDN hướng dẫn tại Thông tư này thì cơ sở kinh doanh được hưởng các mức ưu đãi về thuế TNDN theo hướng dẫn tại Thông tư này cho khoảng thời gian ưu đãi còn lại.

Theo công văn số 11684/BTC-TCT ngày 16/9/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNDN thì cơ sở kinh doanh trong nước đã được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư trước ngày 1/1/2004 với thuế suất theo giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư là 25%, nay vẫn đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư đã ghi trong giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư được chuyển đổi áp dụng mức thuế suất thu nhập doanh nghiệp ưu đãi là 20% cho đến hết thời gian ưu đãi còn lại.

Từ các quy định nêu trên dẫn đến có hai nhóm ý kiến khác nhau về áp dụng thuế suất đối với DN hoạt động trong KCN đang hưởng thuế suất thuế TNDN là 25% theo giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp trước đây:

+ Nhóm ý kiến dựa theo quan điểm “áp dụng chính sách mới theo hướng có lợi cho DN” cho rằng các DN nói trên được áp dụng thuế suất thuế TNDN 15% theo Điểm 5.12 và Điểm 8, Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại.

+ Loại ý kiến khác cho rằng các DN này chuyển đổi áp dụng thuế suất 20% theo Tiết a, Điểm 5.1 công văn số 11684/BTC ngày 16/9/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNDN.

Theo chúng tôi nên quy đinh thống nhất các DN đã hoạt động trong KCN đã được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư từ trước ngày 1/1/2004 với thuế suất 25% thì không được áp dụng thuế suất 15% theo quy định tại Thông tư số 88/2004/TT-BTC vì theo Thông tư này, thuế suất thuế TNDN 15% chỉ áp dụng cho các cơ sở sản xuất mới thành lập trong KCN. Từ ngày 1/1/2004 các cơ sở kinh doanh đã thành lập và hoạt động trong KCN trước ngày 1/1/2004 thực hiện chuyển đổi để áp dụng thuế suất thuế TNDN theo như hướng dẫn tại công văn số 11684/BTC-TCT ngày 16/9/2005 của Bộ Tài chính.